按照世界卫生组织(WHO)最新标准，通过严格的精子形态学染色分析，精子正常形态率小于4%为畸形精子症。在正常情况下，精子外形呈蝌蚪状，包括头颈部和尾部。发育异常的精子在显微镜下就表现为怪模怪样，如头部太小、尾部卷曲等。
畸形的精子可能存在受精功能缺陷，难以使卵子受精。事实上，正常男性的精液中大部分精子都是畸形的，只有少部分精子形态是正常的。如果畸形的精子太多，会明显减少“有竞争力”正常形态精子的比例，这会影响精子的整体“战斗力”，不利于精子成功“俘虏”卵子，从而影响精子的受精能力。精子畸形率太高，就会造成男性生育能力低下，难以使女方怀孕。
研究表明，生殖腺体感染和炎症(附睾炎、睾丸炎、前列腺炎或精囊炎等)、内分泌紊乱、染色体异常等疾病，还有吸烟、酗酒、熬夜、工作压力大、高温工作环境、高辐射环境等不良生活习惯和生活环境，均是畸形精子症的病因。
中西医结合药物治疗配合生活保健，可以使一部分患者的精子畸形率降低，获得自然生育。中医认为，肾虚、湿热下注或伴有瘀滞是引起畸形精子过多的病理基础，可以使用中药或中成药进行辨证论治。西医常用抗生素、抗氧化药物、抗雌激素药物和微量元素等药物治疗畸形精子症。现代医学已经可以使大部分畸形精子症患者获得生育了。
其实，胎儿畸形与精子畸形不是一回事。精子畸形只是形状不正常，影响受精能力，精子内在质量才是影响胚胎质量和流产的主要因素。单纯精子畸形率高不会导致流产率和胎儿畸形率升高，但是部分畸形精子症患者存在精子DNA碎片率高、染色体异常等疾病，才会造成流产率和胎儿畸形率升高。
胎儿畸形主要发生在女性怀孕的早期(头三个月内)。如果在此期间，孕妇感染病原体、发热、服用有危害性的药物(抗生素、激素、神经类等具有生殖毒性的药物)、接触到环境危险因素(酗酒、农药、射线)等，将会直接危害到胎儿器官的发育，导致胎儿畸形或发育迟滞，并容易流产。由此看来，胎儿畸形与精子畸形没有必然关联。
免疫性不孕是怎么回事？
免疫性不孕是指患者排卵及生殖道功能正常，无致病因素发现，配偶精液常规检查在正常范围，但有抗生育免疫证据存在。这是由于生殖系统抗原的自身免疫或同种免疫引起的。
（1）同种免疫：精子、精浆或受精卵是抗原物质，被阴道或子宫内膜吸收后产生抗体，使精子与卵子不能结合或受精卵不能着床。
（2）自身免疫：不孕妇女血清中存在透明带自身抗体，与透明带起反应后可阻止精子穿透卵子，影响受精。
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